慈善组织应当根据法律法规以及章程的规定，建立健全内部治理结构，明确决策、执行、监督等方面的职责权限，开展慈善活动。《中华人民共和国慈善法》(以下简称慈善法)“慈善组织”专章对慈善组织的内部治理相关内容进行了具体规定。
关于慈善组织会计监督管理
慈善法第12条明确，慈善组织应当执行国家统一的会计制度，依法进行会计核算，建立健全会计监督制度，并接受政府有关部门的监督管理。
目前慈善组织的会计规范主要依据财政部出台的《民间非营利组织会计制度》，主要包括三个方面。一是依法进行会计核算。慈善组织的会计核算应当以权责发生制为基础，以实际发生的交易或者事项为依据，如实反映慈善组织的财务状况、业务活动情况和现金流量等信息。会计核算所提供的信息应当能够满足会计信息使用者(如捐赠人、会员、监管者)等的需要。会计核算应当按照规定的会计处理方法进行，会计信息应当口径一致、相互可比。会计核算应当及时进行，不得提前或延后。在会计核算中，所发生的费用应当与其相关的收入相配比，应当在该会计期间内确认等。二是建立健全会计监督制度。健全的会计监督制度包括内部牵制、财产清查和内部审计三个方面。内部牵制是慈善组织内部的各机构、各环节相互牵制、相互监督;财产清查是定期对慈善财产、物资进行核对，通过核对是否账实相符，检查内部制约的执行情况;内部审计是对慈善组织内部牵制制度落实情况、开展慈善活动情况进行的审计，保证慈善财产的规范、有效使用。三是接受政府有关部门的监督管理。除接受民政部门监督管理外，财政、审计、纪检监察等有关部门在各自职责范围内有权对慈善组织执行会计制度的情况进行监督管理。
关于慈善组织的年度报告制度
慈善法第13条规定，慈善组织应当每年向其登记的民政部门报送年度工作报告和财务会计报告。报告应当包括年度开展募捐和接受捐赠情况、慈善财产的管理使用情况、慈善项目实施情况以及慈善组织工作人员的工资福利情况。
慈善组织年度报告接收的主体是慈善组织登记的民政部门。
慈善法该条列举的内容是从慈善组织的一般情况出发的，是所有类型和领域的慈善组织在进行年度报告时都应当报告的内容。在实践中，根据现行行政法规有关规定，基金会的年度工作报告应当包括开展募捐、接受捐赠、提供资助等活动的情况以及人员和机构的变动情况等。社会团体和社会服务机构的工作报告内容包括遵守法律法规和国家政策的情况、依法履行登记手续的情况、按照章程开展活动的情况、人员和机构变动的情况以及财务管理的情况。所以，年度工作报告还应当依法结合并反映慈善组织各自的特点。
慈善组织执行的是《民间非营利组织会计制度》，财务会计报告由会计报表、会计报表附注和财务情况说明书组成,分为年度财务会计报告和中期财务会计报告,年度财务会计报告是以整个会计年度为基础编制的财务会计报告。与企业会计制度相比，慈善组织会计制度在会计要素、计量基础净资产的核算和列报、收入确认、费用分类,以及会计报表构成等方面有不同要求。为了保证财务会计报告的真实准确，根据我国会计法规定，报送的财务会计报告应当由慈善组织负责人和主管会计工作的负责人、会计机构负责(会计主管人员)签名并盖章;设置总会计师的慈善组织，还须由总会计师签名并盖章。
慈善组织必须每年都向民政部门报送年度工作报告和财务会计报告，不能两年或者两年以上进行合并。根据现行行政法规要求，基金会应当于每年3月31日前向登记管理机构报送上一年度工作报告;社会团体和社会服务机构应当于每年5月31日前向登记管理机关报送上一年度的工作报告。
关于慈善组织的关联交易
慈善法第14条规定，慈善组织的发起人、主要捐赠人以及管理人员，不得利用其关联关系损害慈善组织、受益人的利益和社会公共利益。慈善组织的发起人、主要捐赠人以及管理人员与慈善组织发生交易行为的，不得参与慈善组织有关该交易行为的决策，有关交易情况应当向社会公开。
慈善组织虽然不以营利为目的，但是为了实现财产的保值、增值，可以进行投资等营利性活动，在此过程中有可能产生关联交易，相关交易可能受慈善组织的发起人、主要捐赠人、管理人员的影响、控制或支配，也容易出现损害慈善组织、受益人和社会公共利益的情况。本条并不是禁止慈善组织所有的关联交易，而是对慈善组织的发起人、主要捐赠人以及管理人员利用其关联关系损害慈善组织、受益人的利益和社会公共利益的关联交易作出禁止性规定。同时，该条主要通过程序来避免对慈善组织或公众利益不利的关联交易发生，规定慈善组织的发起人、主要捐赠人以及管理人员与慈善组织发生交易行为的，不得参与慈善组织有关该交易行为的决策，有关交易情况应当向社会公开。对于其违反本规定造成慈善组织财产损失的，应当根据本法第99条的规定承担相应的法律责任，即由民政部门予以警告、责令限期改正;逾期不改正的，责令限期停止活动并进行整改。
关于慈善组织不得从事的行为
慈善法第15条规定，慈善组织不得从事、资助危害国家安全和社会公共利益的活动，不得接受附加违反法律法规和违背社会公德条件的捐赠，不得对受益人附加违反法律法规和违背社会公德的条件。
慈善法第4条明确要求，开展慈善活动应当遵循合法、自愿、诚信、非营利的原则，不得违背社会公德，不得危害国家安全、损害社会公共利益和他人合法权益。慈善组织作为慈善活动的重要参与者，该条对此进一步明确要求。慈善组织在开展活动时不得违反法律法规，不得违背社会公德。慈善组织在接受捐赠时也应当遵守这一要求。如果捐赠人提出违反法律法规和社会公德的条件，慈善组织应当予以拒绝，不接受这样的捐赠。受益人是慈善活动的重要一方，该条进一步明确规定，慈善组织不得对受益人附加违反法律法规和违背社会公德的条件，这也是关于开展慈善活动应当遵循合法原则，不得违背社会公德，针对慈善组织的具体要求。
如果慈善组织违反本条规定应当承担相应的法律责任。慈善组织从事、资助危害国家安全和社会公共利益活动的，由有关机关依法查处，由民政部门依法吊销登记证书并予以公告。慈善组织接受附加违反法律法规或者违背社会公德条件的捐赠，或者对受益人附加违反法律法规和违背社会公德的条件的，由民政部门责令限期改正;逾期不改正的,吊销登记证书并予以公告。
关于慈善组织的剩余财产处理
慈善法第18条明确，慈善组织清算后的剩余财产，应当按照慈善组织章程的规定转给宗旨相同或者相近的慈善组织;章程未规定的，由民政部门主持转给宗旨相同或者相近的慈善组织，并向社会公告。
对于慈善组织清算后剩余财产的处理，慈善法主要在两个方面进行了明确。第一，慈善组织清算后的剩余财产不得向其发起人、捐赠人以及慈善组织成员进行分配。该法第52条规定，慈善组织的财产应当根据章程和捐赠协议的规定全部用于慈善目的，不得在发起人、捐赠人以及慈善组织成员中分配，因此，清算后的剩余财产也不得在内部成员和相关人员间分配。第二，慈善组织清算后剩余财产的处理遵循近似原则，即当慈善目的不能实现时，可以将原来慈善目的变更为最接近原慈善目的的其他目的，使慈善活动得以继续运行。本条对此原则作出了系统的规定，还在慈善财产专章中规定了慈善项目终止后捐赠财产有剩余的处理原则，即按照募捐方案或者捐赠协议处理;募捐方案未规定或者捐赠协议未约定的，慈善组织应当将剩余财产用于目的相同或者相近的其他慈善项目，并向社会公开。
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