传教士进入中国后，分成两种传教路线，一种是上层路线，主要针对中国知识精英阶层，以自由派传教士林乐知和李提摩太为代表，通过办学校、杂志、医院等方式向上层传福音。李提摩太创办的《万国公报》主要发行对象就是读书人和官僚。这一条路线影响最大，直接影响参与了中国历史进程。另一条路线则是底层路线，以收割灵魂为主，以基要派传教士戴德生领导的内地会为代表，虽然他们远离庙堂，但是他们却把福音传遍边缘角落。内地会受到的主要阻碍是民间士绅长老的抵制。而自由派传教士的上层路线则受到来自知识精英的抵制，其中主要是儒家文化的阻碍。
甲午战争失败，使中国的部分官僚开始反思中国自身问题。在鸦片战争失败，西方列强诸多不平等条约之后，清朝朝廷并不认为西方列强是对清朝的最大威胁，因为西方暂时没有表达出殖民野心。但是日本在甲午战争的胜利，深深刺激了清朝士大夫的心灵，因为日本乃弹丸小国，历史上一直视中土为上邦，现在被日本打败，士大夫们惊奇之外夹杂着被伤害的自尊。
传教士一直以来对儒家的批判集中在其华而不实上，早在1837年的《东西洋考每月统记传》就刊文，批判儒家教育“读书不足以知物，做诗不足以为贤”。传教士希望通过对儒家的批判，从而使清朝精英认识到自己的不足，转变对西学的态度，然后转变对基督教的态度。但是面对传教士的批判，清朝的士大夫们心存提防，并没有采纳传教士的建议。甲午战争完全改变了清朝士大夫的看法。
过去洋务运动的师夷长技以制夷的方案，固然有效，但是效果不明显，败于日本的正是洋务派置办的船舰和大炮。这个时候，清朝开始考虑传教士对清朝改革的建议。
甲午战争的失败，对于科举制度的改革成为清朝朝廷中大部分官僚的共识，传教士认为这是干预中国教育改革的机会，所以他们根据自己国家的经验，纷纷向清廷中枢提供自己的建议。
李佳白在1895年面见恭亲王的时候，上交《创设学校议》，提出清廷应该建立现代的三级学制，也就是乡镇设蒙学，府县设中学，省会设大学以及专门学校，而都城设总学堂。美国圣公会的郭裴蔚则提出更加详尽的男女四等学堂，除此之外，还建议允许民间办学，实行统一考试，以此把握教学质量。传教士狄考文的建议，与上述二位传教士相似。在《拟请京师创设总学堂议》中狄考文提出：一是总学堂应“并蓄兼收”，“有各等学问”；二是仿行西方大学的学院制，三是总学堂应该尽善尽美，西学中学都应该精益求精。
传教士的建议被戊戌变法人士接纳。光绪二十二年五月初二日（1896 年 6 月 12 日），刑部左侍郎李端棻奏请推广学校折，内容主要包括：一，设立府县州、省、京三级学制；二，设置学堂相辅机构，图书书馆，译书局等。光绪皇帝将此折交给总理衙门，总理衙门又将此折中建立京师大学堂事宜交给时任工部尚书的孙家鼐。关于教育最高管理机构，当时传教士提出两个方案，一个设立教育部，一个就是设立京师大学堂。若采用前者，即设立教育部，这关于重设新部门，在权力架构中势必会引起西党和帝党的控制权之争，所以未被采纳，而采取了大学堂制度。
大学堂建于1898年6月，总理衙门鉴于当时新式教育被传教士所办教会学校把持，只重西学或者神学，而不重视中学，所以制定了“中学为体，西学为用”，“中西并重，观其会通”的京师大学堂教育原则。同年七月，孙家鼐被委任为管学大臣，相当于教育部长，总管教育，也是京师大学堂的直系上司。孙家鼐感觉自己身份直接管理大学堂的不便之处，所以奏请设立总教习被批准。
关于总教习，根据京师大学堂教育原则，孙家鼐认为应该聘请精通中西文化的人士。但是当时的国人只识中学，而无人精通西学，也就是精通中西学的中国人是没有的。所以这个时候，精通中学的传教士成为唯一符合要求人群。
当时的传教士中精通中西的人也不多，也就那么几个人，李提摩太，花之安，林乐知，狄考文，丁韪良等。1898年孙家鼐就聘请传教士为总教习一事向总理衙门阐释：“西学宜设总教习也。查原奏有中总教习，无西总教习。立法之意，原欲以中学统西学，惟是聘用西人，其学问太浅者，于人才无所裨益，其学问较深者，又不甘小就。即如丁韪良曾在总理衙门充总教习多年。今若任为分教习，则彼不愿。臣拟用丁韪良为总教习，总理西学”。丁韪良为不二人选。光绪采纳孙家鼐建议，任命丁韪良为宗教习，授二品顶戴。
至于为什么选择丁韪良，而不是其它传教士，这里有几个原因，其一，丁韪良做过长时间的京师同文馆的总教习。京师同文馆于1862年成立，附设在总理衙门，属于总理衙门的翻译机构兼外语培训机构，丁韪良1865年任同文馆国际法教习，1869年任总教习，直到1894年，长达三十年，占去同文馆的大部分时间。京师大学堂设立后，同文馆并入京师大学堂，丁韪良出任大学堂总教习也属于同级调任。其二，丁韪良自身的原因。丁韪良在同文馆任国际法教习期间，翻译惠顿的《万国公法》，对清廷对外交涉，颇有帮助，所以深得总理衙门的认可，并与清廷许多重要成员建立很好的关系。此外丁韪良来华后发表文章虽然不多，但多集中在教育领域，并且于1881-1882年间专门考察欧美日各国教育，对西方教育比较熟悉，在当时的传教士中算是对教育最专业的人员。
丁韪良上任后聘请许多外国传教士担任教习，并且争取到外国传教士教习不参拜孔子仪式的权利。京师大学堂在义和团运动期间一度停办，义和团失败之后，于1901年9月复办，丁韪良重新执掌总教习。但是新来的管学大臣张百熙对丁韪良并无好感，于1902年将其解聘。
但是丁韪良为代表的传教士却给京师大学留下了深深地印记。
参考文献：
1王立新《美国传教士与晚清中国现代化》，天津人民出版社2008年6月第二版
2顾长声《传教士与近代中国》，上海人民出版社，2013年1月第4版
3丁韪良《中国觉醒》，世界图书出版公司，2009年12月第一版
4郭卫东《西方传教士与京师大学堂的人事纠葛》，《社会科学研究》2009年第一期
5黄运红《晚清京师新式学堂教师聘任初探》，《湖南师范大学教育科学学报》2013年5月第12卷第3期。
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