嘉靖初，士大夫再度借新君即位之机会要求拆毁寺院。这类主张，在以前几代皇帝即位的时候，都只促使皇帝做些姿态而已，没有实际结果，但世宗崇信道教，厌恶佛教，结果形成嘉靖时期对佛教寺院一定程度的遏制。嘉靖六年（1527年），令尼僧、道姑发还原籍出嫁，其庵寺房屋土地尽数入官。六年、十六年（1537年）题准，僧徒愿还俗者，听其自便。各处寺院宫殿任其颓坏，不许修葺。民间幼童，不许舍入为僧，私自披剃。嘉靖十年（1531年），右春坊右中允廖道南请改大慈恩寺兴辟雍，撤灵济宫徐知证、知谔二神，改设历代帝王神位，仍配以历代名臣。世宗命将“夷鬼淫像”毁之，工部另外相地建立帝王庙。 嘉靖十五年（1536年）五月，毁皇城内大善佛殿，并“毁金银像凡一百六十九座，头牙骨等凡万三千余斤。 嘉靖二十二年（1543年），令毁大慈恩寺。嘉靖二十五年（1546年）七月，礼科右给事中李文言宣武门外天宁寺中广聚僧徒，建坛场受戒，四方缁衣，集至万人，有黥徒盗贼混迹其中。世宗令逮捕寺主，其余下礼部禁治。 这些措施，都构成了对佛教发展趋势的打击。不过，嘉靖时期对佛教的限制，毕竟还是以明朝初年规定的宗教政策为基础，甚至并没有真正努力将寺院减少到明朝初年规定的额数。其所用理由，也不是佛教的宗教属性如何不可取，而是“祖制”、财政浪费等等。所以，嘉靖时期毕竟没有形成真正意义上的排斥佛教运动。无论对于士大夫还是对于百姓说来，信道教还是信佛教，与以前一样，并无限制。总体上看，嘉靖时期的佛教也无真正衰落迹象。   

　　万历时期，因太后喜佛教，寺院修建又进入一大繁荣时期。神宗本人也有替身代其出家。 皇太后多次以私人出资名义，命太监负责创建寺院。《张太岳集》中记有修建寺院碑文多处，其事皆在万历十年（1582年）之前。根据其中“敕修东岳庙碑文”、“敕建慈寿寺碑文”、“敕建五台山大宝塔寺记”， 这些寺庙都是慈圣皇太后运作资金修建的。名义上是太后领几个王爷用私房钱来修，但也动用宫中物料，而且都是“敕建”。另外，太后所修寺庙中的东岳庙，并非佛教寺院，可见这位老妇人虽然以笃信佛教著称，实际却也是信杂神的。万历十七年（1589年）八月，南京工部尚书李辅请在南京修神乐观、报恩寺，以工代赈，救济灾荒。从之。 这使修建寺院获得了更合理的说法。万历十八年（1590年），礼部右侍郎兼翰林院侍读学士黄凤翔言：“窃睹都城内外，祠庙寺观，金碧荧煌，堂宇壮丽，询诸道路，皆曰内帑所捐金也。而远方梵刹之供奉，岁时斋醮之祷祝，亦复频仍。臣愚谓与其捐兹厚费于冥冥，孰若宽此一分于民命。臣愚又以为，岁进无名诸费，愿陛下慨然停止。” 此处所说“岁进无名之诸费”，当与修建装潢祠庙寺观有关。在派出矿监税使之前，神宗已经加大了征敛增收的力度。而稍后的矿监税使之出，与皇室大肆修建寺院，导致内帑不足，有直接的关系。神宗在位最久，其间始终勤于修寺。到万历四十三年（1615年），还在普陀山修建镇海寺，由内监曹奉董其事。根据朱国桢的说法，万历中，南京大寺“共一百六十。最小者不与。” 泰昌元年八月，光宗即位诏书内有：“今后敢有私创禅林道院，即行拆毁，仍惩首事之人。僧道无度牒者，悉发原籍还俗。” 这又是一帮士大夫更革弊政的妄想。光宗很快死去。熹宗、庄烈帝时期，已经顾不上寺院的事情了。   

　　以上所说，只是明代朝廷与寺院修建关系的大致情况。从这些情况中可以看出，正统以后，除了嘉靖时期以外，修建寺院一直活跃，究其动因，多来自皇室。皇室之修寺院，并非特意要破坏国家政策，但是实际上却因其特权，而终于一步一步地将明朝初年的规则变得毫无约束效力。洪武时期制定的对佛教政策，很大程度上是被皇帝家族破坏的。